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這張掃描電子顯微鏡圖像顯示的是新冠病毒(黃色)，附著在實驗室培養的細胞(藍色/粉紅色)表面。圖片來源：NIAID-RML
澳大利亞墨爾本大學微生物和免疫學系的Lachlan Coin和Sebastian Duchene團隊及合作者，提供了新冠病毒的第一個直接RNA序列，詳細介紹了該冠狀病毒亞基因組長度的mRNA結構，并描述了從共享數據中揭示的冠狀病毒進化遺傳學的各個方面。相關論文3月7日發布于預印本服務器bioRxiv(bioRxiv所有論文未經同行評議)。
新冠病毒是一種冠狀病毒科陽性單鏈RNA病毒，與能感染哺乳動物和禽類宿主的乙型冠狀病毒相關，例如MERS冠狀病毒和SARS冠狀病毒。
為了確定新冠病毒亞基因組長度的mRNA的結構，研究人員使用了一種最近建立的基于高度平行納米孔陣列的直接RNA測序方法。簡而言之，從具有高水平新冠病毒的培養材料中制備出核酸，并在GridION平臺上進行測序。
通過這種方法，新冠病毒樣本在40小時的測序中產生了680347個讀數，包含了860Mb的序列信息。與培養的新冠病毒分離株的基因組一致，部分讀數屬于冠狀病毒序列(28.9%)，包括分布在29893個堿基基因組中的367Mb序列。其中一些的長度超過2萬個堿基，研究人員還捕獲了單個分子上的大部分基因組。
通過數據分析，研究人員確定了42個具有可預測的5-甲基胞嘧啶修飾的位點，這些位點在亞基因組長度的mRNA之間呈現一致的位置。
在其他陽性單鏈病毒中，RNA甲基化在感染過程中會發生動態變化，影響宿主—病原體相互作用和病毒復制。一旦數據集可用于新冠病毒的直接RNA序列，研究人員可能會發現其他的修飾。人們目前對冠狀病毒的表觀轉錄組修飾知之甚少。
研究人員認為，通過使用直接的RNA序列數據，有助對新冠病毒分子生物學的深入了解，并可能幫助構建病毒亞基因組長度mRNA結構的詳細視圖。
來源：中國科學報
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