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基于高通量測序技術分析人工圈養成年蜂猴的糞便微生物多樣性

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目的 研究成年蜂猴的腸道菌群組成情況,以探討人工圈養蜂猴的健康影響因素。

方法 采集4只成年雄 性蜂猴的糞便樣本,運用細菌16S rDNA通用引物擴增V4區,應用Illumina NovaSeq測序平臺對蜂猴糞便微生物進 行測序分析,并使用Qiime軟件分析樣本的復雜度和相似度。基于有效數據分析樣本腸道菌群在門、屬水平上的物 種結構和豐度,同時應用PICRUSt軟件進行菌群的代謝功能預測。

結果 年齡最小的蜂猴的腸道菌群多樣性指數 shannon高于其他蜂猴。PCoA分析顯示4只蜂猴的樣本菌群組成具有一定的相似度。4只蜂猴的糞便中細菌共鑒定 出了12個門、18個綱、28個目、49個科、93個屬和59個種。其中,優勢菌門是擬桿菌門 (Bacteroidetes) 和厚 壁 菌 門 (Firmicutes), 平 均 相 對 豐 度 分 別 為 46% 和 28%; 擬 桿 菌 屬 (Bacteroides)、 雙 歧 桿 菌 屬 (Bifidobacterium) 和梭菌屬 (Fusobacterium) 的豐度較高,平均相對豐度分別為33%、6%和6%;有益菌群雙 歧桿菌屬在4個蜂猴糞便樣本中都存在,且在年齡較小的蜂猴中相對豐度最高。PICRUSt功能預測分析顯示,蜂猴 糞便菌群中氨基酸轉運和代謝、碳水化合物轉運和代謝等功能基因的豐度相對較高。

結論 應用Illumina NovaSeq 高通量測序技術可以較全面地檢測蜂猴的糞便菌群。蜂猴糞便中細菌組成具有豐富的多樣性,其中還有許多未被分 類鑒定且相對豐度較高的細菌,需要進一步研究。

閱讀原文:基于高通量測序技術分析人工圈養成年蜂猴的糞便微生物多樣性.pdf

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