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為什么要做預實驗?國自然預實驗數據占多少比例合適?

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科研項目的申請,就像是一場精心策劃的冒險之旅,而預實驗部分則是探險家的必備裝備和詳細地圖。在國家自然科學基金的申請過程中,雖然預實驗并沒有固定的占比規定,但這并不意味著它不重要。相反,預實驗是反映你的科學假設是否站得住腳、研究方法是否科學全面的重要依據。

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01 為什么要做預實驗?

那么,為什么要做預實驗?為什么必須要有前期相關結果?或許有些研究者并不明白其中的利害關系,因此并不太在意,從而疏忽了該部分的書寫。下面我們來整理一下做預實驗的相關原因:

1、確保研究的可行性

為了避免后續實驗不能按照預期的計劃完整開展,減少研究的風險,通常會在研究正式開始前,通過代價較小的預實驗來確定一個可行的課題。此外,由于實驗失敗的機率往往大于成功的機率,通過多次預實驗的結果可以預測實驗成功的概率,從而及時止損。

2、把控實驗藥物的正確劑量

在疾病治療的研究中,實驗開始前最先需要獲得的信息是藥物的濃度。例如,當你想探究一個中藥活性成分對肝癌的治療作用時,你通常會查找其他文獻來了解該活性成分在疾病治療中的使用劑量。但是無論劑量為何,我們都需要通過預實驗進行驗證。除了與疾病組做對比,證明該藥物具有一定的治療效果外,還要測試藥物的毒性劑量。

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3、體現前期研究的工作量

為什么預實驗要有足夠的體量呢?首先,專家意見反饋中常會見到“證據鏈不足”,這就是在說預實驗結果不足,不能支撐研究假說。其次,豐富的預實驗結果可以彌補本子撰寫中的小問題,比如個別格式不標準、前言后語銜接不連貫、國內外現狀缺少點邏輯等。最后,預實驗多說明研究花費了很多經費,證明我們對待國家自然科學基金的態度是積極的。要相信專家能夠看到我們的努力。

02 什么樣的預實驗是專家眼中有效的預實驗?

舉個例子來說明:

我們發現,經常熬夜容易變胖。那么,為什么經常熬夜會容易變胖呢?

通過查閱文獻,我們發現已經有流行病學相關的研究證明,24小時輪班工作或者是經常性熬夜與肥胖之間具有密切的關聯。迪米利亞等人對346名白天工作和輪班工作的人進行橫向調查研究發現,輪班工作的人的平均體重指數明顯高于白天工作的工人。此外,還有研究證明生物鐘紊亂與肥胖和代謝紊亂具有高度的相關性,并且生物鐘紊亂還可以引起下丘腦NPY的釋放增加。

基于這些文獻數據,我們提出可能的假說是:經常熬夜可以引起生物節律紊亂,通過影響下丘腦中NPY的釋放,進而引起肝臟脂肪代謝的紊亂,最終導致肥胖。

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為了驗證這個假說,我們需要做一些預實驗。首先,我們會證明一下晝夜節律紊亂是否可以引起體重的增加,以及下丘腦NPY的釋放是否可以引起肝臟脂肪三酯合成的增加。如果這兩個預實驗的結果都能和我們的預想一樣,那就證明假設是很可能成立的。

我們比較了正常的小鼠和就業節律紊亂的小鼠的體重以及腹部脂肪,發現晝夜節律紊亂的小鼠的體重和腹部脂肪都是增加的。同時,我們對小鼠進行NPY的注射,發現注射NPY的小鼠和對照組相比,其甘油三酯濃度增加的幅度更大。通過計算甘油三酯分泌的速度,我們最后發現注射NPY的小鼠甘油三酯分泌的速率顯著高于對照組。所以這兩個預實驗的結果就證明我們的假說是很可能存在的。

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03 國自然預實驗數據應該占比多少比較合適?

最糟糕的是完全沒有開展過實驗,僅僅進行了生信分析、網絡藥理或者組學測序,這樣看來就是欠缺了前期基礎。

如果按照預實驗數據能夠支撐國家自然科學基金的科學假說的角度出發,大概有以下一些實驗是有必要的:

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  • 臨床激活水平檢測:研究材料為臨床來源的組織樣本,最常見的檢測手段是通過表達水平來判斷A、B、C分子的激活水平。mRNA常見的檢測手段有RNA-seq、qPCR、northernblot、FISH;蛋白水平常見的檢測手段有ELISA、western blot、IHC、免疫熒光等。

  • 相關性表達分析:根據RNA-seq或者qPCR的結果分析基因之間的相關系數。

  • 細胞功能實驗:可以分為小分子干預方式,或者對分子A、B、C或者通路X,進行過表達(overexpression)或者沉默(RNAi),甚至敲除(KO)干預,進行觀察細胞的表型變化。也就是說,分為上調激活(gain of function)以及下調沉默(loss of function)的調控邏輯,檢測細胞的表型改變(增殖,死亡,轉移侵襲等)。

  • 動物實驗:模擬疾病發生的在體環境,觀察分子A、B、C或者通路X的干預對于疾病進展的影響,評估分子A、B、C或者通路X作為疾病治療靶點的效果。


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此外,還有上下游作用關系的驗證、分子互作、結構預測等。一般認為前期基礎能夠占整個研究的30~40%是比較合適的。例如,中藥復方根據中醫理論基礎或者文獻報道具有治療某種疾病的效果。

而在我們的前期探索中,采用細胞實驗或者動物實驗也初步確定了藥效確切,所以可以進一步展開機制探究。那么前面證明療效的實驗即是研究基礎。以此為條件,需要更為深入地闡明機制的部分,可作為我們申請基金支持的依據。

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