目的 基于生物信息學探究地榆( Sanguisorbae Radix,SR)改善小鼠潰瘍性結腸炎的機制。
方法 利用 R 語言對高通量基因表達數據庫(GEO)中 GSE92415 數據集進行潰瘍性結腸炎(UC)差異表達基因篩選和加 權基因共表達網絡分析(WGCNA),并結合 FerrDb 數據庫,獲得 UC 相關鐵死亡特征基因。 對特征基因進行蛋白互 作分析(PPI)和相關性分析,篩選 UC 鐵死亡核心基因。 構建葡聚糖硫酸鈉(DSS)誘導的 UC 小鼠模型,并灌胃給 予 SR 水提物 9 d,記錄疾病活動指數(DAI)和結腸長度,采用 HE 染色法觀察結腸組織病理變化,酶聯免疫吸附測 定法(ELISA)檢測小鼠結腸組織炎癥因子腫瘤壞死因子(TNF)?α、白細胞介素-6(IL?6),生化試劑盒檢測脂質過氧 化因子丙二醛(MDA)、谷胱甘肽(GSH)水平,免疫熒光法檢測結腸組織閉鎖小帶蛋白 1(ZO?1)表達,蛋白免疫印跡 法(Western blot)檢測結腸組織過氧化物酶體增殖物激活受體 γ(PPARG)、溶質載體家族 7 成員 11(SLC7A11)和谷 胱甘肽過氧化酶 4(GPX4)蛋白表達。
結果 通過生物信息學篩選得到 9 個 UC 相關鐵死亡特征基因,其中核心基 因為 PPARG。 相關性分析發現 PPARG 與鐵死亡高度相關。 結合生物信息學篩選結果,探討 SR 改善小鼠 UC 的機 制,實驗結果發現,SR 可降低 UC 小鼠 DAI 值,緩解結腸縮短,改善腸道粘膜屏障功能,對 TNF?α、IL?6、MDA、GSH 水平有顯著回調作用,并可提高結腸組織 PPARG、SLC7A11 和 GPX4 蛋白表達。
結論 鐵死亡與 UC 密切相關,SR 可通過影響 PPARG 和 SCL7A11 / GPX4 蛋白,進而改善 UC 小鼠結腸上皮損傷和功能障礙,為 UC 治療策略提供了 思路與方向。
閱讀原文:地榆通過影響PPARG和SLC7A11/GPX4表達減輕潰瘍性結腸炎小鼠損傷.pdf
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